Amber-软件资源-吉林大学理论化学计算实验室

软件资源

Amber

信息来源: 发布时间:2017年03月24日

名称:

Amber

介绍:

经典的分子(特别是生物分子)的动力学模拟程序。Amber(Assisted Model Building with Energy Refinement)这个名词通常涉及两个产品:一个、是一套生物分子模拟的分子立场;另一个是由TSRI&UCSF发布的包含代码和演示的分子 模拟软件包,由AmberTools和Amber组成,当前最新版本为AmberTools1.5和Amber 11,Amber是一个多个程序的集合包,大约包含50多个程序,相互协调工作。


安装的机器:

氪、氙、氡、锂


版本号:

Amber12, AmberTools13


模块:

sander, pmemd, NAB, LEaP, antechamber, ptraj/cpptraj,

mm_pbsa/mmpbsa.py


网址:

http://ambermd.org/


教程:

http://ambermd.org/tutorials/


手册:

AmberTools13 Reference Manual
Amber 12 Reference Manual